hai disabilitato la scheda integrata dal BIOS? questo non dovrebbe ad ogni modo creare problemi, ma è sempre da provare.
la scheda è possibile sia difettata, come potrebbe essere un problema di driver. a tal proposito, hai rimosso bene i vecchi driver della video integrata?
qualsiasi scheda in commercio (sia essa PCI-E 1.0 o 2.0) non ha problemi di compatibilità con la tua scheda madre, al limite i problemi li da l'alimentatore, che (dato il sistema) immagino non sia di qualità e dotato di Ampere a sufficienza sulla +12V per ospitare qualcosa di più performante.
Ad ogni modo, se non hai modo di testare la vga su altro pc e stesso monitor, direi di provare a fare un'installazione pulita di Windows, su altro hard disk (cosicchè da non sputtanare il tuo lavoro) e con tutti i driver freschi vedere se il problema è qualche file system corrotto.
EDIT: :asd: non ho letto la data del post.....ahahah
Capita ...